У Агенцији за лекове и медицинска средства Србије (АЛИМС), ради обављања сродних, међусобно повезаних послова, постоје:

• Канцеларија директора
• Управљање квалитетом
• Група за регулаторне послове
• Национална контролна лабораторија

– Физичко-хемијска лабораторија
– Инструментална лабораторија
– Микробиолошка лабораторија – Batch release
– Фармаколошка лабораторија – Виваријум

• Одељење за управљање квалитетом и подршку
• Ветеринарски сектор
• Национални центар за информације о лековима и медицинским средствима
• Центар за хумане лекове

– Сектор за издавање дозвола
– Сектор за процену ефикасности и безбедности лека
– Фармацеутски сектор
– Сектор за клиничка испитивања
– Национални центар за фармаковигиланцу

• Центар за подршку

– Финансијски сектор
о Одсек за рачуноводствене послове
о Одељење за комерцијалне послове и јавне набавке
– Административни сектор
о Одељење за правне и опште послове
о Служба за пријем захтева за контролу хуманих и ветеринарских лекова и медицинских средстава, других захтева и послове писарнице
– Сектор за информациону технологију

• Сектор за медицинска средства

Управни одбор АЛИМС чине:

АЛИМС такође има следећа стручна тела које чине експерти, сарадници АЛИМС:

• Комисија за стављање у промет хуманих лекова
• Комисија за стављање у промет ветеринарских лекова
• Комисија за стављање у промет медициских средстава
• Комисија за процену клиничких испитивања хуманих лекова
• Комисија за процену безбедности лекова и медицинских средстава
• Комисија за хомеопатске лекове
• Комисија за фармаковигиланцу ветеринарских лекова
• Комисија за процену клиничких испитивања ветеринарских лекова
• Комисија за стављање у промет традиционалних лекова
• Комисија за стављање у промет радиофармацеутских лекова

Одговорну, сложену и разноврсну делатност Агенције за лекове и медицинска средства Србије обавља квалификовано, стручно и искусно особље. АЛИМС се, у својој кадровској политици труди да, када је у питању старосна структура кадрова, буду заступљене све три старосне категорије: мудрост искусних стручњака, иновативна младост и снага зрелости.

У 2016. години Агенција за лекове и медицинска средства Србије има 173 запослених.

Активности у Агенцији за лекове и медицинска средства Србије одвијају се у два објекта – старој згради, која је припадала Заводу за фармацију Србије и новом објекту, чија је изградња финансирана из пројекта Европске агенције за реконструкцију.

Све лабораторије у оквиру Националне контролне лабораторије АЛИМС су реновиране тако да одговарају најстрожијим светским захтевима у области контроле квалитета, што се нарочито односи на Микробиолошку лабораторију, односно стерилни блок ове лабораторије.

Агенција за лекове и медицинска средства Србије располаже најсавременијом опремом, неопходном како за контролу квалитета лекова и медицинских средстава, тако и за информатичку подршку свим процесима који се у АЛИМС-у обављају. Неопходне квалификације и калибрације опреме, као и процеси заштите података на рачунару се редовно обављају, према дефинисаним плановима.