- издаје дозволе за лек, одлучује о измени и допуни, обнови и преносу, као и престанку важења дозволе за лек;
- врши упис медицинског средства у Регистар медицинских средстава, одлучује о измени и допуни, обнови уписа, као и брисању медицинског средства из Регистра медицинских средстава;
- врши упис у Регистар традиционалних биљних лекова, односно упис у Регистар хомеопатских лекова;
- издаје дозволе за спровођење клиничког испитивања лека и медицинског средства, одлучује о измени и допуни дозволе, односно протокола о спровођењу клиничког испитивања лекова, доноси одлуке у вези с пријавом клиничког испитивања, врши контролу спровођења клиничког испитивања;
- прати нежељене реакције на лекове ( у даљем тексту: фармаковигиланца), као и нежељене реакције на медицинска средства ( у даљем тексту: вигиланца медицинских средстава);
- издаје уверења за потребе извоза лекова и медицинских средстава у складу с препорукама Светске здравствене организације;
- одобрава увоз лекова и медицинских средстава за лечење одређеног пацијента или групе пацијената, као и лекова или медицинских средстава за научна и медицинска истраживања;
- врши категоризацију лекова, односно медицинских средстава;
- одобрава оглашавање лекова и медицинских средстава;
- врши прикупљање и обраду података о промету и потрошњи лекова и медицинских средстава;
- даје информације и предлоге за рационално коришћење лекова и медицинских средстава;
- повезује се са међународним мрежама информација о лековима и медицинским средставима и са агенцијама надлежним за лекове и медицинска средства и њиховим асоцијацијама;
- учествује у планирању и спровођењу систематске контроле лекова и медицинских средстава и узимању случајних узорака из промета;
- даје мишљења за увоз и извоз узорака ћелија, односно ткива за поступак клиничког испитивања лековима;
- врши контролу квалитета лекова и медицинских средстава;
- припрема стручне публикације из надлежности Агенције;
- врши и друге послове, у складу са законом.